Η Αιτωλοακαρνανία είναι η πιο πλούσια υδρολογικά περιοχή της Ελλάδας και μία από τις πλουσιότερες της Ευρώπης. Στην περιφέρειά της συναντούμε δύο μεγάλα ποτάμια τον Αχελώο και τον Εύηνο (χωρίς να υπολογίζουμε τον Μόρνο που είναι το γεωγραφικό της όριο με την Φωκίδα), που στον ρου τους μέσα στην Αιτωλοακαρνανία σχηματίζουν τέσσερις μεγάλες τεχνητές λίμνες.

Επίσης, η Αιτωλοακαρνανία εκτός από τα δύο αυτά ποτάμια, έχει έξι ακόμη φυσικές λίμνες, με σημαντικότερη βέβαια την Τριχωνίδα, που είναι η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Ελλάδας (100.000 στρ.)

Τέλος, στην Αιτωλοακαρνανία έχουμε και δυό από τις μεγαλύτερες και σπουδαιότερες λιμνοθάλασσες της Ελλάδας: του Μεσολογγίου και του Αιτωλικού. Σε αυτό το σημείο πρέπει να αναφερθεί πως οι εκβολές (δέλτα) του Αχελώου είναι ένας από τους σημαντικότερους υγροβιότοπους της Ελλάδας και της Ευρώπης, τόσο για την ορνιθοπανίδα του όσο και για την θαλάσσια πανίδα του.